Viện Khổng Tử có trụ sở đặt tại Bắc Kinh. Chương trình bắt đầu từ năm 2004 và do Văn phòng Hội đồng tiếng Hoa Quốc tế chịu trách nhiệm về tài chính (thường gọi là Hán Biện (汉办)), một tổ chức phi lợi nhuận liên kết với Bộ Giáo dục Cộng hoà Nhân dân Trung Hoa.[1] Các học viện hoạt động thông qua hợp tác với các trường đại học liên kết tại địa phương và các trường đại học trên toàn thế giới. Chương trình Lớp học Khổng Tử liên kết với các trường học cấp hai hoặc khu vực trường học để cung cấp giáo viên và tài liệu giảng dạy.[2][3]

Học viện Khổng Tử được so sánh với những tổ chức xúc tiến ngôn ngữ và văn hoá như Viện trao đổi văn hoá Pháp và Học viện Goethe của Đức hay Hội đồng Anh, tuy nhiên tại một số nước nó không được cho là ngang hàng vì họ cho là nó được dùng để tuyên truyền về các đề tài chính trị. Chức năng của các học viện là giảng dạy, đào tạo giáo viên tiếng Hoa, tổ chức thi trình độ tiếng Hoa (chứng chỉ quốc tế về tiếng Hoa HSK); chiếu phim Trung Quốc, tư vấn du học, tổ chức các hoạt động trao đổi văn hóa, hữu nghị... nhằm mở rộng ảnh hưởng của nền văn hóa Trung Hoa trên toàn thế giới. Các viện Khổng Tử được tài trợ phân nửa bởi nước khách, phân nửa bởi Trung Quốc; tại các nước đang phát triển như ở Việt Nam được hoàn toàn trợ cấp bởi chính quyền Trung Quốc. Cho tới nay (cuối năm 2014) Trung Quốc đã thành lập được trên 450 học viện ở trên 100 quốc gia trên thế giới.[4][5]

Đánh giá về dài hạn, thông qua việc giới thiệu và quảng bá ngôn ngữ, nền văn hóa và con người Trung Quốc, Học viện Khổng Tử là nhân tố của "quyền lực mềm" trong đường lối chính trị Trung Quốc. Qua đó, có thể dùng tầm ảnh hưởng, uy tín và sức thu hút để thực hiện những dụng ý trên thế giới mà không cần áp dụng sức mạnh quân sự hay kinh tế.[6] Tuy nhiên, Học viện Khổng Tử hoạt động trong các trường đại học, ngày càng nâng cao những lo ngại về ảnh hưởng của học viện về tự do học thuật và khả năng về "quyền lực mềm".[7] Chẳng hạn như khi nhà tranh đấu nhân quyền Trung Quốc Lưu Hiểu Ba vào năm 2010 được giải Nobel Hòa bình, thì hầu hết các viện Khổng tử ở Đức cố ý làm ngơ, chứ không ăn mừng.[8] Nói chung rất khó khăn, khi đề cập tới các vấn đề như về Tây Tạng, Đài Loan và về giải thưởng Nobel 2010 tại các viện này.[9]